Martin Huber spielte als Flötist in verschiedenen Berufsorchestern, darunter als Soloflötist im führenden Sinfonieorchester Lateinamerikas, dem Orchestra Sinfonica de Sao Paulo (Brasilien). Des weiteren ist er gefragter Gastflötist im Musikkollegium Winterthur, Zürcher Kammerorchester, Orchester Philharmonie Luxemburg u.a. Martin Huber ist künstlerischer Leiter der Witiker Konzerte und verantwortet das Career Center Musik an der Zürcher Hochschule der Künste, wo er sich für die Studierenden und deren Übergang in den Beruf einsetzt.
Als Flötist und Leiter des Schweizer Kammerensembles spielt er zusammen mit Musikern wie Fabio di Casola, Sarah Verrue, Anders Miolin, Edmauro Oliveira, Ayun Huang, dem Amar Quartett uvm. Zahlreiche Komponisten haben für ihn Werke geschrieben, darunter so namhafte wie Rodolphe Schacher, Peter Wettstein, Daniel Glaus, Max E. Keller und Philipp Hefti. Konzertreisen führten ihn in die USA sowie nach Südamerika, Japan und China.